摘要：在土增清算中，很多企业都在问已开具发票尚未支付的工程款能否在清算时扣除？只要是没付款都不让扣吗？这个问题涉及税法的具体规定和税务实践，下面通过以下实务案例与大家一起学习探讨一下。

案例概要

A房地产开发公司（以下简称“A公司”）在2019年启动了一个大型住宅项目，预计在2023年竣工并开始销售。在项目开发过程中，A公司与多家供应商签订了建筑施工服务合同。

1.与B公司签订了屋面防水施工合同，合同金额100万元，B公司已经完成了该工程，并向A公司开具了全额的工程款发票。为了保证工程质量和资金安全，除合同约定的支付的合同款项，A公司还保留了部分合同款项作为质保金，金额为5万元。直到工程验收合格并通过5年的观察期后A公司才会支付。