检查人员核实了C医药公司的记账凭证、账簿资料及其他相关资料。据调查，C医药公司已于2015年8月将上述22份发票认证通过并抵扣增值税204000元，对应采购药品也已销售并结转相应成本。C医药公司提供了采购合同、开票方D药业公司的营业执照复印件、经营许可证复印件、GSP资格证书复印件、质保协议复印件、组织机构代码证书复印件、进出库明细单、送货单等书面证据。同时检查人员对C医药公司业务经办人李某作询问调查，根据询问笔录阐述，该22份发票是2015年C医药公司向D药业公司采购药品时取得，D药业公司业务员张某通过电话推销找到李某，称他们公司有C医药公司需要的几种药品。C医药公司通过传真向张某取得D药业公司的营业执照、经营许可证、GSP资格证书、质保协议、组织机构代码证书等复印件资料，并用传真的方式签订了采购框架合同。D药业公司负责运输送货并承担运费，采购药品直接发货到C医药公司的仓库验收入库，由C医药公司仓库管理员保留送货单。检查人员对货物的销售情况进行了调查，因为涉及药品种类和数量较多，且C医药公司是多家进货滚动销售，该批货物分散销售给不同单位，要一一确认发票所涉每个药物的去向比较困难。检查人员另外核查了C医药公司的银行基本账户，未发现异常资金交易情况。检查人员欲寻找张某作进一步调查，但李某称没有留存张某电话号码，现已无法找到张某。检查人员要求寻找送货单上C医药公司签收人员赵某进一步核实情况，C医药公司告知赵某已于2015年离职，已经联系不上。

鉴于其余证据已无法进一步取得，对于本案如何处理，税务机关内部出现了较大的争议。

• 一种意见认为，本案中，相关出库单、资金流均可证明属有货交易，既然无法取得C医药公司属于恶意虚开的证据，那么，根据“疑罪从无”的原则，应当定性为“善意取得”虚开的增值税专用发票，根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号），不予抵扣税款，不予加收滞纳金。